Študij se organizira in izvaja po načelih kreditnega študija. Študij poteka s predavanji, seminarji, konzultacijami, individualnim izpopolnjevanjem in aktivnim sodelovanjem v raziskovalnem procesu. Če se k predmetu prijavi manj kot 5 kandidatov, se predmet izvaja v obliki konzultacij. Študent se o izvedbi konzultacij dogovori s predavateljem predmeta (prvo napisanim, če jih je pri predmetu več). Pri predmetih, kjer se prijavi 5 ali več kandidatov, so organizirana predavanja.

Izvajanje študija neposredno spremlja in usklajuje Komisija za podiplomski študij Senata BF, ki tudi predlaga v sprejem Senatu Biotehniške fakultete spremembe in dopolnitve programa in ukrepe za učinkovito izvajanje študija.