Na magistrski oz. doktorski študij bioloških in biotehniških znanosti se lahko vpiše, kdor je končal univerzitetni dodiplomski študij, dokazuje, da aktivno obvlada vsaj enega od svetovnih jezikov in ima ustrezno predznanje. Ustreznost predznanja presoja Senat oddelka Biotehniške fakultete oz. senat ali kolegij, ki je pristojen za znanstveno področje, ki ga je študent izbral. Na predlog oddelčnega senata oz. področnega senata (kolegija) lahko Senat Biotehniške fakultete, oz. Komisija Senata BF za podiplomski študij po njegovem pooblastilu, kandidatu, ki nima ustreznih predznanj, predpiše, da mora opraviti dopolnilne izpite (najmanj 30 kreditnih točk) dodiplomskega študija izbranega oz. sorodnega področja. Dopolnilne izpite mora kandidat opraviti do konca 2. letnika podiplomskega študija. Izjema je znanstveno področje krajinska arhitektura, kjer mora študent opraviti izpite iz dodiplomskega programa do vpisa v 2. letnik.

Pri prijavi k podiplomskemu študiju študent izbere eno od znanstvenih področij študija bioloških in biotehniških znanosti in predlaga izmed visokošolskih učiteljev in znanstvenih sodelavcev, ki sodelujejo pri podiplomskem programu, svojega potencialnega mentorja. Mentorja podiplomskemu študentu imenuje Senat Biotehniške fakultete najpozneje do konca 1. semestra magistrskega študija.

Na predlog Senata oddelka oz. študija se število vpisnih mest v 1. letniku določi in omeji na posameznih znanstvenih področjih. Število se določi vsako leto z razpisom za vpis.

Če je za posamezno znanstveno področje prijavljenih več kandidatov, kot je razpisanih vpisnih mest, imajo prednost tisti, ki so dosegli višjo povprečno izpitno oceno na dodiplomskem študiju (teža 75 %) in višjo oceno diplomskega dela (teža 25 %).