Predstojnik Katedre za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo je prof. dr. Gorazd Avguštin, namestnica prof. dr. Romana Marinšek Logar.

Katedra za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo je v svoji skoraj 30 letni zgodovini zrasla do današnjega obsega, ko zaposluje 15 ljudi. Glavno poslanstvo katedre je usmerjena v visokošolsko poučevanje različnih vidikov mikrobiologije. Učimo predvsem dodiplomske študente Biotehniške fakultete (v okviru študijev Mikrobiologija, Biotehnologija in Kmetijstvo – Zootehnika) in podiplomske študente v okviru Interdisciplinarnega doktorskega študijskega programa Biomedicina ki poteka na  Univerzi v Ljubljani in Interdisciplinarnega doktorskega študijskega programa Bioznanosti, ki poteka na Biotehniški fakulteti. Znanstveno raziskovalno delo je usmerjeno tako, da podpira naše pedagoške aktivnosti, tako da se pedagoške in raziskovalne vsebine na katedri praviloma močno prepletajo.

Na katedri se v raziskovalnem smislu največ posvečamo preučevanju strukture in delovanja kompleksnih mikrobnih združb, ki živijo v striktno anaerobnih okoljih prebavnega trakta živali in človeka, pa tudi anaerobnih delih bioloških čistilnih naprav in npr. sedimentih. Pri tem uporabljamo tako tradicionalne mikrobiološke metode in pristope kot tudi novejše, praviloma tiste, ki temeljijo na molekularno bioloških metodah. Sliko o naših aktivnostih in zanimanjih si lahko ustvarite po pregledu podstrani, na katerih so opisani pomembnejši tematski sklopi, na katerih delamo in jih preučujemo sami ali v sodelovanju s sodelavci doma in po svetu. Navedene so tudi mikrobne vrste in rodovi s katerimi delamo, in raziskovalne metodologije, ki jih uporabljamo. Kljub temu, da smo osredotočeni predvsem na bazične raziskave, se le-te tesno povezujejo z različnimi biotehnološkimi aplikacijami. Dobro poznavanje dinamike mikrobioloških procesov v anaerobnih sistemih kjer poteka razgradnja polisaharidov je namreč osnova za učinkovito proizvodnjo različnih alternativnih virov energije (biogoriv in bioplina), kot tudi za optimizacijo prehrane rastlinojedih živali. V zadnjem času smo raziskovalno dejavnost razširili tudi na področje ekotoksikologije, v sklopu katerega proučujemo predvsem učinke nanodelcev in drugih potencialno strupenih onesnaževal na mikroorganizme.