ENG/SLO 

ZBIRKA INDUSTRIJSKIH MIKROORGANIZMOV (ZIM) 

Mreža raziskovalnih infrastrukturnih centrov (MRIC UL)

Biotehniška fakulteta
Jamnikarjeva 101
1000 Ljubljana

Vodja zbirke: Prof. Dr. Peter Raspor (peter.rasporbf.uni-lj.si)
Kuratorica: Dr. Neža Čadež (neza.cadezbf.uni-lj.si)

-          Katalog kvasovk
-          Katalog nitastih gliv
-          Katalog bakterij
-          Cenik

Predstavitev zbirke

Zbirka industrijskih mikroorganizmov je bila sistematično organizirana leta 1991. Sami zametki zbirke pa so nastali že kmalu po ustanovitvi Agronomskega oddelka l.1947 na tedanji Katedri za mikrobiologijo. Z ustanovitvijo Oddelka za živilstvo l.1960 se je število kultur znatno povečalo. Poleg teh kultur, pa je izmed starejših izolatov v sedanjo zbirko vključena tudi kolekcija 150 avtohtonih vinskih kvasovk. Ostali izolati so rezultat raziskovalnih projektov zadnjih šestnajst let. Drugi sevi so pridobljeni iz tujih zbirk kot tipski sevi ali drugače zanimivi sevi.

Cilji zbirke

-       Prispevek k ohranitvi biotske raznovrstnosti s pridobivanjem mikroorganizmov izoliranih iz različnih okolij Slovenije, predvsem kvasovk, pa tudi industrijsko pomembnih bakterij in filamentoznih gliv;
-       Ohranjanje obstoječih izolatov mikroorganizmov kot genetski potencial za biotehnološke aplikacije;
-       Taksonomske študije in aplikacija identifikacijskih tehnik za odkrivanje razprostranjenosti, številčnosti in pripadnosti posameznih skupin mikroorganizmov;
-       Oskrbovanje pedagoških ustanov z mikroorganizmi za izobraževanje in izobraževanje strokovnjakov za delo z mikroorganizmi.

Shranjevanje kultur

Kulture so shranjene z dvema neodvisnima metodama shranjevanja: v tekočem dušiku in v zamrzovalnih omarah pri -80°C.

 

       
                                     Metode shranjevanja mikroorganizmov.
                                    Preservation methods for microorganisms.

Podatkovna baza kultur

Vključuje taksonomske podatke (vrsta, rod, avtor, sinonimi, ime osebe, ki je mikroorganizem identificirala), ekološke podatke (natančen popis habitata in geografske lokacije), način shranjevanja in datum zadnje manipulacije z mikroorganizmom, ter tudi ostale tekstovne molekulske, fenotipske in biokemijske podatke o mikroorganizmih.

Identifikacija in karakterizacija

-   traditional  yeast identification is based on microscopic examination of vegetative and sexual forms and their ability to ferment or assimilate different carbon and nitrogen sources.

                   

                                   
 

-   sekvenciranje ribosomskih regij (regijo D1/D2 velike podenote rRNA in regije ITS) za identifikacijo kvasovk .

-   restrikcijska analiza z verižno reakcijo s polimerazo pomnoženih fragmentov ribosomske DNA (PCR-RFLP analiza rDNA), ki ji je primerna za združevanje izolatov iste vrste v skupine, katerih elektroforetski vzorec primerjamo z vzorci tipskih sevov ali že identificiranimi izolati (Raspor in sod., 2001). Uporabnost metode smo ovrednotili tako za taksonomske študije (Smole Možina in sod., 1997, Smole Možina in sod., 1998, Čadež in sod., 2002, Čadež in sod., 2003), kot tudi za ekološke študije (Povhe Jemec in sod., 2001, Zagorc in sod., 2001, Recek in sod., 2002, Raspor in sod., 2002, Raspor in sod., 2006, Cadez in sod. 2010).

           
              

 -   pomnoževanje DNA z naključnimi začetnimi oligonukleotidi z verižno reakcijo s polimerazo (RAPD-PCR). Metoda je zaradi svoje enostavnosti uporabna predvsem kot »triažna« metoda razvrščanja izolatov v genetsko sorodne skupine (Smole Možina in sod., 1998, Čadež in sod., 2002, Čadež in sod., 2003).

 -   metoda elektroforetske kariotipizacije, s katero ločimo intaktne kromosome kvasovke z elektroforezo v pulzirajočem polju (Povhe Jemec in sod., 2001, Zagorc in sod., 2001, Raspor in sod., 2002). Metoda je uporabna za razlikovanje sevov Saccharomyces cerevisiae in za spremljanje populacijske dinamike med fermentacijo vina.

                                              
                                                 


 -   dolžinski polimorfizem restrikcijskih fragmentov (AFLP), ki je novejša metoda za detekcijo polimorfizmov DNA in temelji na selektivni pomnožitvi  restrikcijskih fragmentov genomske DNA z verižno reakcijo s polimerazo. Metodo smo uporabili v taksonomski študiji določitve koncepta vrst kvasovk (Čadež in sod., 2006).

Storitve Zbirke industrijskih mikroorganizmov

-          Izdaja sevov
-          Deponiranje sevov
-          Mikrobiološka analiza vzorca
-          Identifikacija sevov
-          Molekularna tipizacija (PCR-RFLP, PCR-RAPD, AFLP, elektroforetska kariotipizacija).

Financiranje

     Zbirka je delno financirana s strani Agencije za raziskovalno dejavnostr ARRS Republike Slovenije preko vključitve v Mrežo raziskovalnih infrastrukturnih centrov Univerze v Ljubljani. (MRIC UL)