Raziskovalni projekti

Vsebinski opis projekta 

Eden izmed največjih izzivov sodobnega sveta je vse večja grožnja patogenov, odpornih proti antibiotikom k čemur je prispevalo tudi dodajanje antibiotikov kot spodbujevalcev rasti v krmo živali. Zato  z letom 2006 zakonodaja EU  prepoveduje to strategijo, rejci živali pa nujno potrebujejo alternativne  in trajnostne rešitve.  Probiotiki, živi mikroorganizmi, ki imajo koristne učinke na zdravje gostitelja,  veljajo za trajnostno in okolju prijazno rešitev za boj proti odpornosti na antibiotike. Vendar je razumevanja mikrobnih interakcij med probiotiki, patogeni in gostiteljem še vedno zelo omejeno. Te študije so še posebej pomembne zaradi naraščajočega povpraševanja po probiotikih v prehrani ljudi in v živinoreji, pri čemer so posledice uživanja teh dodatkov slabo razumljene.

Projekt z akronimom COMPATPROBs (kompeticija med patogenom in probiotikom Bacillus subtilis).  COMPATPROBs temelji na naših nedavnih odkritjih, da s patentom zaščiten sev Bacillus subtilis zavira rast patogenov, ki se prenašajo s hrano in  da ta sev  pozitivno vpliva na rast in imunski status pitovnih piščancev in vivo.

Te ugotovitve skupaj z neobjavljenimi podatki, ki so opisani v projektnem predlogu, tvorijo temelj tega projekta. Glavni cilj projekta je nadalje opredeliti mehanizme, ki so gonilo interakcij med B. subtilis in S. Typhimurium in vitro ter  razširiti raziskavo na mišji model- in vivo.  Ker je habitat salmonele širok in vključuje  poleg prebavila živali tudi naravna talna in vodna okolja, kjer so hranila limitna, je cilj projekta tudi razširiti znanja o vplivu  hranil na  interakcije med patogenom in probiotikom.

Za izvajanje nalog projekta  COMPATPROB  združujemo strokovno znanje treh raziskovalnih skupin z UL-BF in strokovno znanje NIB-a (Nacionalni inštitut za biologijo):

Skupina MICRO – BF, prinaša znanja o mikrobnih interakcijah, primerjalni genomiki, znanja potrebna za konstrukcijo rekombinantnih sevov bakterij (mutant in poročevalskih sevov), izkušnje z eksperimentalno evolucijo in konfokalno mikroskopijo visoke ločljivosti.

Skupina BioNANO-BF zagotavlja strokovno znanje o modelih črevesne epitelne pregrade, imunskemu odzivu  in vrstični elektronski mikroskopiji.

Center za laboratorijske živali in genomiko – BF  ponuja strokovno znanje o miškah, odziva gostitelja in zaznavanju fluorescenčno označenih mikrobov in vivo.

Skupina BioTEHSystem (Nacionalni inštitut za biologijo - NIB) zagotavlja strokovno znanje transkriptomike.
 

Zunanja povezava na Sestava projektne skupine Odpira se v novem oknu 

Faze projekta in njihova realizacija

Projekt je organiziran v 6  delovnih paketov:

DP1: Priprava specifičnih mutantov in rekombinantnih sevov, skupaj z optimizacijo izbranih modelnih sistemov in vitro in in vivo (M1-18)

DP2: Karakterizacija mehanizmov zaznavanja kompeticije v okoljih z manj hranil (M1-24)

DP3: Raziskava mehanizmov in  vloge probiotika pri moduliranju občutljivosti patogenov na antibiotike (M6-36).

DP4: Ocena stabilnosti antagonističnih učinkov probiotika proti salmoneli med eksperimentalno evolucijo (3-36).

DP5: Analiza interakcij med patogenom in probiotikom ter njihovih posledic za gostitelja z uporabo modela črevesne epitelne pregrade in modela okužbe miši (1-36).

DP6: Organizacija projekta in objavljanje ugotovitev: razširjanje, izkoriščanje in upravljanje podatkov (M1-36).
 

Partnerji v projektu

• NIB - Nacionalni inštitut za biologijo