Raziskovalni projekti

Sodelujoče RO 

• Univerza v Ljubljani, Biotehniška fakulteta
• Labena d.o.o.
• Kemijski inštitut

Vsebinski opis projekta 

Glavni cilj projekta je preučiti vpliv metilacije DNA na nalaganje maščobe pri edinstvenem inbridiranem modelu miši za poligensko obliko debelosti in vitkosti. Raziskali bomo vpliv dolgoročne divergentne selekcije na genotip in vzorec metilacije DNA. S sintezo rezultatov metilacije DNA, izražanja genov ter genotipa obeh linij miši bomo identificirali zanesljivejše kandidatne gene, primerne za nadaljnje funkcionalne analize. Za najbolj obetavne kandidatne gene bomo izvedli analizo prostorske transkriptomike za pridobitev njihovih vzorcev izražanja v specifičnih tkivih.

Pričakujemo, da bomo identificirali nove kandidatne lokuse za debelost in vitkost ter molekularne mehanizme, ki so odgovorni za variabilnost fenotipa. Rezultati bodo prispevali k boljšemu razumevanju mehanizmov, vpletenih v debelost in zdravo vitkost in k odkrivanju novih potencialnih terapevtskih tarč. 

Faze projekta in njihova realizacija 

WP1. Izolacija DNA in kontrola kakovosti

WP2. Prva analiza diferencialno metiliranih regij (DMR) na združenih vzorcih

WP3. Druga analiza metilacije DNA v izbranih tkivih

WP4. Sekvenciranje na ravni celotnega genoma

WP5. Analize aktivnosti encimov za metilacijo

WP6. Izbor zanesljivejših kandidatnih lokusov za funkcionalne analize in bioinformacijske analize

WP7. Validacija, funkcionalne analize in analiza prostorske transkriptomike,

WP8. Posodobitev zbirke za debelost pri sesalcih in dodatne bioinformacijske raziskave za določanje funkcionalnih modulov.