Naslov: Karakterizacija novo odkritih rastlinskih virusov s pristopi sintetične virologije in eksperimentalne evolucije
- Programska skupina: Biotehnologija in sistemska biologija rastlin
- Mentorica: doc. dr. Tjaša Lukan, somentor: doc. dr. Denis Kutnjak
- Naziv področja: Biotehnologija
Delo mladega raziskovalca_ke bo usmerjeno v raziskave bioloških lastnosti in adaptacijskega potenciala novo odkritih rastlinskih virusov. Raziskovalec_ka bo pri delu uporabljal_a sodobne pristope molekularne biologije (visokozmogljivo sekvenciranje s spremljajočo bioinformatsko analizo, kvantitativno ali digitalno PCR) in sintezne virologije, vključno z naprednimi metodami molekulskega kloniranja za pripravo infektivnih virusnih klonov, njihovim spreminjanjem ter laboratorijskimi okužbami rastlin. Pomemben del raziskav bo vključeval pripravo knjižnic mutantov in izčrpno preverjanje učinkov mutacij (ang. deep mutational scanning, DMS) ter izvedbo eksperimentalne evolucije pod različnimi selekcijskimi pritiski. Delo bo tesno povezano s potekajočim projektom SNEP-VIMS (Zunanja povezava na https://fito-micro.nib.si/projects/ Odpira se v novem oknu) in bo potekalo v sodobno opremljenih laboratorijih, z možnostjo sodelovanja z domačimi in mednarodnimi partnerji. Študijski del bo predvidoma potekal na Mednarodni podiplomski šoli Jožef Stefan.
Mladi_a raziskovalec_ka, bo vključen_a v dinamično in uveljavljeno skupino za mikrobiologijo (Zunanja povezava na https://fito-micro.nib.si/ Odpira se v novem oknu) na oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo. Skupina je sestavljena interdisciplinarno in vključuje biologe, mikrobiologe, biokemike, biotehnologe, strokovnjake s področja varstva rastlin in druge profile. V skupini raziskujemo raznolike teme, ki segajo od biologije, raznolikosti, evolucije, epidemiologije in diagnostike mikrobov, do razvoja in validacije metod za njihovo zaznavanje. Raziskovalna in diagnostična vprašanja naslavljamo z uporabo najmodernejših metod, kot so kvantitativna in digitalna PCR, elektronska mikroskopija, visokozmogljivo sekvenciranje in bioinformatika. Naše raziskave so usmerjene v patogene mikrobe na rastlinah in živalih, okoljsko virologijo in virusno ekologijo (npr. raziskave virusov iz okoljskih vzorcev in virusov invazivnih vrst). Smo del evropskega referenčnega laboratorija za viruse in fitoplazme na rastlinah.
Raziskovalec_ka bo raziskovalno delo opravljal_a v laboratorijih z najmodernejšo raziskovalno opremo v okviru biotehnološkega stičišča NIB, z vzpostavljenim sistemom kakovosti in s sodelavci, ki prihajajo iz Slovenije in mednarodnega okolja. Sodeloval_a bo pri mednarodnih projektih ter z najboljšimi raziskovalnimi inštitucijami v Sloveniji in tujini ali z visokotehnološkimi slovenskimi in tujimi podjetji, ki so naši partnerji. Preko dela in z udeležbo na različnih delavnicah bo kandidat_ka osvojil_a tudi veščine, ki omogočajo uspešno kariero po zaključku doktorata, dobro zaposljivost in osebno rast, med drugim: sposobnosti za kritično razmišljanje, različnim javnostim prilagojeno komuniciranje, timsko delo, projektno načrtovanje in vodenje, poznavanje sistema kakovosti in podobno.
Od kandidata_ke pričakujemo željo po raziskovanju, ustvarjalnost, samoiniciativnost, zdravo kritično presojo, sposobnost timskega dela, zanesljivost in pozitivno naravnanost. Zaradi dela v okviru mednarodnih sodelovanj je nujno dobro znanje angleškega jezika. Pričakujemo izobrazbo biološke, mikrobiološke, biokemijske, biotehnološke, (bio)informatske ali druge sorodne smeri. Zaželene so izkušnje z delom v molekularnem laboratoriju ali izkušnje z analizami večjih podatkovnih setov z bioinformatskimi ali statističnimi metodami.
- Informacije: doc. dr. Tjaša Lukan (), doc. dr. Denis Kutnjak ().
Naslov: Vpliv dnevnega ritma na odgovor rastlin na virusno okužbo
- Programska skupina: Biotehnologija in sistemska biologija rastlin
- Mentorica: Prof. dr. Maruša Pompe Novak; somentorica: doc. dr. Tjaša Lukan
- Naziv področja: Biotehnologija
Iščemo motiviranega kandidata ali kandidatko, ki ga/jo veseli raziskovalno delo na področju mikroskopije in molekularne biologije, ki bi se želel pridružiti interdisciplinarni raziskovalni ekipi v skupini za sistemsko biologijo na Nacionalnem inštitutu za biologijo (NIB) v Ljubljani, ki je med vodilnimi raziskovalnimi skupinami na področju sistemske biologije rastlin v svetovnem merilu in ki jo odlikuje uporaba naprednih eksperimentalnih tehnik v laboratorijih z najmodernejšo raziskovalno opremo v novozgrajenem biotehnološkem stičišču NIB ter močna vpetost v mednarodne raziskovalne mreže.
Raziskovalno delo mladega raziskovalca/raziskovalke bo osredotočeno v raziskovanje časovne dinamike obrambnega odgovora rastlin na virusne okužbe. Rastline so se namreč prilagodile dnevnim spremembam svetlobe in temperature v okolju tako, da ritmično uravnavajo različne procese. Znano je, da notranja biološka ura pri rastlinah ob specifičnem času dneva, ko so pogoji za napad povzročiteljev bolezni najugodnejši, sproži obrambni mehanizem proti nekaterim povzročiteljem bolezni. Ni pa še znano, kako cirkadiani mehanizmi vplivajo na potek virusnih okužb pri rastlinah, preliminarni rezultati pa nakazujejo da imajo zelo velik vpliv.
Delo bo interdisciplinarno in bo povezovalo področja rastlinske fiziologije, virologije, biotehnologije in bioinformatike. Delo bo obsegalo študije s klasičnimi in naprednimi tehnikami molekularne biologije (kot sta kvantitativna PCR in visokozmogljivo sekvenciranje), mikroskopijo (konfokalno in elektronsko) in fenotipizacijo s sledečo bioinformatsko analizo in interpretacijo rezultatov.
Raziskovalno delo mladega raziskovalca/raziskovalke bo potekalo v tesnem sodelovanju z eksperti iz skupine za sistemsko biologijo NIB ter v sodelovanju s kolegi iz vodilnih raziskovalnih inštitucij iz Slovenije in tujine. Pri opravljanju doktorskega dela bo mladi raziskovalec/raziskovalka pridobil/a širok nabor veščin, ključnih za uspešno kariero po doktoratu, vključno s kritičnim razmišljanjem, znanstveno komunikacijo z različnimi ciljnimi javnostmi, timskim delom, načrtovanjem in vodenjem raziskovalnih projektov ter poznavanjem sistema kakovosti.
Od kandidata ali kandidatke pričakujemo dobro znanje angleškega jezika, vedoželjnost, samostojnost, samoiniciativnost, odgovornost in zanesljivost, pa tudi pripravljenost na sodelovanje z raziskovalnimi skupinami v tujini ter udeležbo na znanstvenih konferencah in strokovnih srečanjih.
Zaželena je izobrazba s področja biologije, mikrobiologije, agronomije, biokemije, biotehnologije, bioinformatike ali druge sorodne smeri.
Mladi raziskovalec/raziskovalke bo delal/a na Oddelku za biotehnologijo in sistemsko biologijo NIB v Ljubljani.
- Informacije: prof. dr. Maruša Pompe Novak, e-naslov: , doc. dr. Tjaša Lukan ()