Številka pogodbe:

J4-9299

Oddelek:

Oddelek za živilstvo

Tip projekta:

ARRS

Vrsta projekta:

Temeljni

Vloga na projektu:

Vodilni

Financiranje:

Trajanje:

01.07.2018 - 30.06.2021

Vrednost projekta skupaj:

1.34 FTE

Vodja projekta na BF:

Klančnik Anja

VSEBINSKI OPIS PROJEKTA

Bakterije C. jejuni so vodilni povzročitelji črevesnih okužb ljudi v razvitih državah. Glavni vzrok je kontaminirana hrana. Varnost živil ogroža tudi odpornost bakterij Campylobacter, kar omogoča sodoben način proizvodnje z uporabo številnih protimikrobnih sredstev in širjenje rezistence zaradi globalne trgovine s surovinami in končnimi izdelki. Pogostost kampilobakterioz narašča, izvor pa je uživanje nezadostno toplotno obdelanega okuženega perutninskega in prašičjega mesa ter mikrobiološko onesnažene pitne vode. Pomemben prilagoditveni/obrambni mehanizem preživetja je adhezija bakterij na različne materiale proizvodnih površin. Čeprav je adhezija bakterij in posledično tvorba biofilmov osnova njihove trdoživosti in uspešnega prenosa, pa osnovni mehanizmi adhezije še niso znani. Potrebni so novi pristopi ali strategije za omejevanju števila okužb ter nadzora bakterij v živilih. V projektu bomo kot model uporabili bakterije Campylobacter za študij mehanizmov, ki ne spodbujajo razvoja odpornosti. V predlaganemu projektu se bomo osredotočili na raziskave adhezije bakterij Campylobacter, kar je potrebno za uvajanje novih strategij z uporabo subinhibitornih koncentracij. 


FAZE PROJEKTA IN NJIHOVA REALIZACIJA

DP1: Vključenost pomembnih celičnih mehanizmov bakterij iz rodu Campylobacter na njihovo sposobnost adhezije

  • Naloga 1.1: Adhezija mutant v celičnih mehanizmih
  • Naloga 1.2: Preučevanje mehanizma adhezivnosti bakterij Camplylobacter na ravni morfologije
  • Realizacija v mesecih trajanja projekta: od 1 do 13 mesec

DP2: Vključenost novih tarčnih molekul zunajceličnega matriksa pomembnih za njihovo sposobnost adhezije

  • Naloga 2.1. Uporaba lektinov za preprečitev adhezije bakterij Campylobacter
  • Naloga 2.2. Analiza proteinskih tarč v zunajceličnem matriksu bakterij Campylobacter
  • Realizacija v mesecih trajanja projekta: od 6 do 17 mesec

DP3: Mehanizmi adhezije rodu Campylobacter na nivoju transkriptoma

  • Naloga 3.1. RNA-seq adheriranih celic bakterij rodu Campylobacter
  • Naloga 3.2. Statistična analiza RNA-seq
  • Realizacija v mesecih trajanja projekta: od 11 do 23 mesec

DP4: Mehanizem adhezivnosti bakterij Campylobacter na ravni proteoma

  • Naloga 4.1. Proteomska analiza zunaj membranskih proteinov bakterij Campylobacter
  • Naloga 4.2. Proteomska analiza znotrajceličnih proteinov bakterij Campylobacter
  • Realizacija v mesecih trajanja projekta: od 20 do 35 mesec

DP5: Adhezija kot nova tarča predlagane strategije za zmanjšanje kontaminacije z bakterijami Campylobacter

  • Naloga 5.1 Integracija rezultatov, pridobljenih iz DP1 do DP4 in potrditev tarč
  • Naloga 5.2. Predlagana strategija za preprečevanje adhezivnosti
  • Realizacija v mesecih trajanja projekta: od 14 do 356 mesec

 

SICRIS povezava