Vsebina predmeta
Podatkovni viri o zaporedjih DNA, zaporedjih proteinov in strukturi proteinov (formati datotek, iskanje, analiza podatkov). Anotirane baze podatkov zaporedij - osnovne zbirke podatkov o zaporedjih DNA in proteinov ter strukturi proteinov (formati datotek, iskanje, analiza podatkov). Podobnosti zaporedij: lokalna vs. globalna, parametri podobnosti, podobnost in homologija. Matrike točkovanja, algoritmi za poravnavo. Sekvenciranje naslednje generacije: podatki, metode. Sestavljanje genomov: podatki, metode. Filogenija in taksonomija: baze podatkov, algoritmi za ugotovitev filogenetskih razmerij. Analiza celotnega genoma: baze podatkov, algoritmi. Primerjava genomov, transkriptomov in proteomov izbranih modelnih oganizmov bakterij, arhej, gliv, rastlin in živali ter ljudi. Analiza izražanja genov: tehnologija, baze podatkov, uvod v računske pristope. Dinamika bioloških procesov, ki vključujejo proteine in nukleinske kisline. Integrativna genomika in sistemska biologija: baze podatkov, metode. Statistično podprta analiza podatkov: zvezne in diskretne verjetnostne porazdelitve, parametri in njihovo ocenjevanje, vzorec in populacija, osnove statističnega sklepanja, vrste statističnih testov, multipla linearna in logična regresija. Koncepti linearne algebre (matrike, lastne vrednosti), odvodi ter integrali.
Pogoji za vključitev v delo
Pogoji za opravljanje študijskih obveznosti:
- obvezna prisotnost na vsaj 80 % vaj,
- opravljene domače naloge,
- predstavitev projekta .