Raziskovalni projekti

Mikroorganizmi imajo ključno vlogo pri kroženju snovi v naravnem okolju in v številnih gospodarskih panogah, vključno s proizvodnjo varne in kakovostne hrane ter različnih zdravil. Mikrobi odločilno vplivajo na zdravje rastlin, živali in ljudi ter na številne biotehnološke procese in aplikacije. V okviru programa P4-0116 raziskujemo bakterije in glive v naravnih in proizvodnih okoljih, v laboratorisjkih modelih, na rastlinah, v hrani, v biorekatojih in industrijskih procesih. Znanja, ki jih razvijamo v okviru programske skupine so pomebna za nadaljni razvoj strategij izkoriščanja pozitivnih in obvladovanja negativnih učinkov mikroorganizmov v kmetijjstvu, industriji in medicini. Raziskave izvajamo v 5 delovnih sklopih: 1. Ekologija in evolucija socialnih mikrobnih interakcij; 2. Biofilmi in mehanizmi stresnega odziva mikroorganizmov; 3. Sestava in speciacija mikrobnih združb in njihovi odzivi na okoljske spremembe; 4. Nove strategije in metode za izboljšanje varnosti in kakovosti hrane. 5. Odkrivanje in študij novih biološko aktivnih molekul za boj proti boleznim in zaščito okolja. V program sodelujemo dve raziskovalni skupini iz BF-UL (Katedra za mikrobiologijo , Katedra za biotehnologijo, mikrobiologijo in varnost živil)  in podjetje Acies Bio. V obdobju med 2015-2019 je v programski skupini produktivno delovalo 30 članov (trenutno vključenih 24 članov). Skupno  smo objavili 137 člankov (od tega 65 v kategoriji A1); 20 člankov tudi v kategoriji A” (Cell, 2019, Nature communication, 2017, Angewandte Chemie, PNAS, Current Biology). Člani podjetja Acies Bio in prof. Petkovič so pridobili tudi 5 mednarodnih patentov. Bili smo izbrani med Odlične v znanosti, med 10 najboljših na UL, vodja programa je bila v letu 2017 odlikovana z Zoisovim priznanjem. Vključeni smo v številne mednarodne  projekte:  ERA chair COMPETE, projekt CELSA (Mandić-Mulec), ERC projekt CABUM (Stopar v sodelovanju s prof. Dularjem). Velik napredek opažamo na naslednjih podoročjih: razvoj orodij za pripravo rekombinatnih sevov, orodij za taksonomsko identifikacijo in kvantifikacijo mikroorganizmov, raziskav biofilmov in bakterijskih interakcij, raziskav rastlinskih ekstraktov in njihovih vplivov na bakterije, raziskav/odkrivanje/razvoj novih bioloških učinkovin in tehnologij.  Imamo bogate izkušnje na področju konfokalne mikroskopije, optične pincete in meritve mehanskih lastnosti vzrocev, genomike ter izkušnje na področju heterologne ekspresije proteinov.   Člani programske smo močno vpeti v univerzitetno izobraževanje na področju mikrobiologije, biotehnologije, živilstva in prehrane. Poleg direktnega poučevanja aktivno prispevamo tudi kot mentorji ( v zadnjem obodbju financiranja  pri > 160 magisterijih/diplomah, >7 doktoratih), aktivno sodelujemo pri popularizaciji znanosti,  smo v uredniških odborih znanstvenih revij, organizatorji pomembnih mednarodnih konferenc (npr. Bacell 2019), ocenjevalci mednarodnih projektov in inštitutov. Člani programske skupine tudi zelo aktivno sodelujemo z industrijo doma in v tujini.