Vsebina predmeta
Pristopi za določitev aminokislinskih zaporedij proteinov: Edmanova degradacija.
Pristopi za določitev tridimenzionalne strukture proteinov: namen je seznaniti študente z osnovami eksperimentalnih tehnik strukture biologije, ki se najpogosteje uporabljajo za določevanje tridimenzionalnih struktur proteinov in drugih makromolekul, vključno z razlago njihovih prednosti in omejitev: rentgenska kristalografija (osnove kristalografije in sipanje rentgenskih žarkov), jedrna magnetna resonanca (NMR) (eksperimentalne osnove 1H, 13C, 15N NMR), krioelektronska mikroskopija, ozkokotno rentgensko sipanje
Analiza podatkov pridobljenih z metodami strukturne biologije in validacija rezultatov: gradnja modelov na osnovi eksperimentalnih podatkov pridobljenih z različnimi metodami, vključno s specifikami metod (fazni problem kristalografije, sklopitve v NMR spektrih, itd.), optimizacija modelov, validacija zgrajenih modelov z uporabo spletnih strežnikov za validacijo proteinskih struktur. Depozicija podatkov v javnih spletnih bankah (npr. Protein Data Bank).
Osnovne proteomske tehnike. Pregled instrumentacije za namen separacije in detekcije (masna spektrometrija). Opis načinov dela: identifikacija, karakterizacija ali kvantifikacija proteinov oz. peptidov. Pregled razlik v zasnovi eksperimenta in končni obdelavi podatkov. Uporaba orodij proteomike za identifikacijo novih bioloških markerjev in določevanje mejnih koncentracij za namen diagnoze in zdravljenja.
Analiza proteomskih podatkov pridobljenih iz masne spektrometrije in validacija rezultatov.
Pogoji za vključitev v delo
Pogoji za opravljanje študijskih obveznosti:
Kolokvij iz vaj:
- obvezna prisotnost na vsaj 80% vaj.
Izpit:
- opravljen kolokvij iz vaj,
- predstavitev seminarja.