Vsebina predmeta
Predavanja:
-osnove molekulskega modeliranja (zapisi strukture (makro)molekul, konformacijska analiza, geometrijska optimizacija, grafična predstavitev molekul)
-priprava in analiza kemijskih knjižnic spojin (izračun fizikalno-kemijskih lastnosti, molekulskih deskriptorjev, filtriranje na osnovi lastnosti, raznolikost knjižnic)
-računalniške metode za določanje in analizo strukture proteinov (analiza in poravnava aminokislinskih zaporedij, homologno modeliranje, izračun površine (makro)molekul v stiku s topilom)
-interakcije tarča – majhna molekula (vrste in jakost interakcij, analiza vezave majhne molekule v kompleksu s tarčo)
-molekulsko sidranje (identifikacija potencialnih vezavnih mest, izračun vezavnih konformacij majhnih molekul v kompleksu s tarčo, sidranje protein-protein in peptid-protein)
-simulacije molekulske dinamike (simulacije molekulske dinamike vodotopnih in membranskih proteinov, simulacije kompleksov protein-ligand, izračun vezavne energije)
-virtualno rešetanje (strukturno podprto virtualno rešetanje, rešetanje na osnovi strukture ligandov)
-modeliranje s pomočjo farmakofornih modelov (farmakoforni modeli na osnovi strukture tarče in na osnovi strukture ligandov, analiza povezave med strukturo in delovanjem, dinofori)
-kvantitativni odnos med strukturo in delovanjem (QSAR)
-optimizacija spojin zadetkov in spojin vodnic, principi racionalnega načrtovanja zdravilnih učinkovin (optimizacija afinitete, optimizacija fizikalno-kemijskih lastnosti, optimizacija ADMET lastnosti)
-uporaba umetne inteligence pri načrtovanju učinkovin
Seminarji: Predstavitev novih pristopov/programov/programskih paketov za molekulsko modeliranje (na osnovi novih znanstvenih objav, preskusnih različic programov/programskih paketov). Predstavitev izbranih primerov.
Praktične vaje: Praktične vaje v računalniški učilnici dopolnjujejo teoretične vsebine predmeta s praktičnimi izvedbenimi primeri in uporabo različnih programskih orodij za molekulsko modeliranje.
Pogoji za vključitev v delo
Pogoji za opravljaje izpita:
- obvezna prisotnost na vsaj 80 % vaj,
- predstavitev seminarja.