Med_najodli__nej__ii_raziskovalnimi_dose__ki_leta_2020_tudi_raziskovalni_dose__ek_interdisciplinarne_skupine_raziskovalcev_z_ravzojem_informacijske_platforme_MAGO.gif

 

Mikrobi (bakterije, arheje, glive, protozoji, virusi) opravljajo ključne metabolne procese. Poznavanje genomov je ključno za modeliranje interakcij, razumevanje fiziologije, molekularne evolucije življenja in detekcijo v okolju. Zaradi zapletenosti interakcij in sestave mikrobnih populacij v raziskavah uporabljamo pristope z vrha (angl. top down), kot sta metagenomika in metatranskriptomika. Pri tem glavno oviro predstavlja rekonstrukcija genomov iz 'omskih podatkov.

Metagenome-Assembled Genomes Orchestra (MAGO) to oviro odpravlja kot prva platforma, ki združuje različne programe, drastično poenostavlja in pohitri sestavljanje in zaključevanje draft genomov iz metagenomov in metatranskriptomov, poveča kompletnost (MIMAG, MISAG standarda) ter omogoča anotacijo genomov (GenBank) in njihovo evolucijsko umeščanje (filogenija največjega verjetja) na velikem številu markerjev ter razmejitev meja vrst in genomskih operativnih taksonomskih enot (ANI).

MAGO je prva polno paralelizirana, odprtokodna, razširljiva platforma za masovno rekonstrukcijo genomov iz okoljskih 'omskih podatkov, za njihovo neposredno vključevanje v novo bazo »Genome Taxonomy Database« (https://gtdb.ecogenomic.org/). Izdana je v treh oblikah, primernih za visokozmogljive računalniške grozde (HPC, Singularity, Docker, virtual machine), ter primerna za raziskave, poučevanje in industrijo, omogoča odkrivanje novih mikrobnih skupin, tako iz majhnih enoceličnih projektov kot obsežnih in kompleksnih okoljskih metagenomov, ki trenutno potekajo na 8 HPC-jih po celem svetu. Članek interdisciplinarne skupine je bil objavljen v reviji Molecular biology and Evolution, IF = 14,797, četrtina 1, znotraj najboljših 10 odstotkov s področja.

Vir: Murovec B., Deutsch L., Stres, B. Computational Framework for High-Quality Production and Large-Scale Evolutionary Analysis of Metagenome Assembled Genomes. Mol. Biol. Evol., 37 (2020), 593-598. doi: 10.1093/molbev/msz237. Članek je dostopen na povezavi.

Univerza v Ljubljani svoj jubilej praznuje 3. decembra, na dan, ko je v potekalo prvo predavanje v slovenskem jeziku. Najstarejša in največja univerza v Sloveniji svoj jubilej praznuje z organizacijo različnih dogodkov, s katerimi se spomni na najbolj zaslužne v preteklem letu, tako na področju pedagoškega in raziskovalnega dela, sodelovanja za gospodarstvom in ustvarjanja novih tržnih priložnosti ter na drugih področjih. Organizacijo dogodkov, ki so združeni v Tednu Univerze, pa je v letu 2020 spremenila epidemija covid-19. Univerza v Ljubljani je za predstavitev najodličnejših raziskovalnih dosežkov, prejemnic in prejemnikov častnih nazivov, plaket, nagrad in priznanj pripravila posebno spletno stran z nagovorom prof. dr. Igorja Papiča, rektorja Univerze v Ljubljani (na povezavi). S prejetimi priznanji, listinami, nagradami, plaketami in nazivi Biotehniška fakulteta ponovno dokazuje, da je pomembna članica Univerze v Ljubljani (na povezavi).  

Znanstveni dosežek je bil kot izbran dosežek Oddelka za zootehniko predstavljen tudi na BFestivalu 2020: Predstavitev znanstvenih dosežkov strok v letu 2019 (novica na povezavi).
Posnetek dogodka je na objavljen na YouTube kanalu Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljan na povezavi.