Trenutno iščejo nadobudne študente z interesom za bioinformatiko (programiranje) in genetiko za pomoč na dveh projektih.
1. Projekt BEEography
Cilj projekta je razvoj dobro definiranega in s parametri opremljenega modela demografske zgodovine vrste Apis mellifera, ter uporaba rezultatov za izboljšanje upravljanja s trenutnimi in prihodnjimi populacijami. Slednje bomo dosegli z resničnim pogledom v preteklost preko: (i) analize genomskega rodoslovja; (ii) vključitve muzejskih vzorcev; in (iii) vključitve paleogeografskih in paleoklimatskih podatkov.
V projektu bomo tako uporabili napredne metodologije analize drevesnih sekvenc (angl. tree sequence) in sorodnih metodologij, kjer iz današnjih vzorcev dobimo vpogled v rodoslovno in demografsko zgodovino vrste. Delo na projektu bo zajemalo predvsem programiranje (Python, bash), bioinformacijsko analizo podatkov (današnja in zgodovinska DNA) ter modeliranje na področju kvantitativne genetike (programiranje v R-u in Pythonu, statistično modeliranje).
2. Projekt GenoTrot
Projekt GenoTrot (GenoDrone) si prizadeva poglobiti razumevanje reproduktivnih značilnosti medonosne čebele (Apis mellifera). Prvi cilj je določiti morebitno genomsko nestabilnost v spermijih trotov, zlasti v hipervariabilni regiji gena csd. Drugi cilj je razvoj inovativne metodologije za oceno uspešnosti nadzora nad parjenjem pri čebelah. Metoda vključuje določanje variabilnosti alelov csd v izbranih čebeljih družinah, preizkušanje ustreznosti DNA iz spermijev, ki so shranjeni v spermateki kot začetni material za ocenjevanje uspešnosti nadzora nad parjenjem ter razvoj orodja, ki bo nudil ustrezno informacijo vzrejevalcem čebeljih matic.
V projektu bomo uporabljali napredne molekularne metode (sekvenciranje naslednje generacije, posamezno celično sekvenciranje), razvijali metode sortiranja posameznih spermijev, ter uporabljali obstoječe ter razvijali nove bioinformatske metode za analizo dobljenih podatkov. Delo bo vključevalo terensko delo (delo s čebeljimi družinami, vzorčenje čebel, umetna inseminacija čebeljih matic), laboratorijsko delo (odvzemanje sperme pri trotih, izolacija DNA, RNA, PCR, sortiranje celic, elektroforeza, priprava knjižnic za NGS), in bioinformatiko (analiza podatkov, programiranje).
Kontakt: dr. Jana Obšteter () in dr. Ajda Moškrič ()