Stalna delovna telesa senata fakultete so:
- Komisija senata za študij 1. in 2. stopnje;
- Komisija senata za raziskovalno in razvojno delo;
- Komisija za doktorski študij;
- Kadrovska komisija senata;
- Komisija za zagotavljanje kakovosti;
- Komisija za informacijske in komunikacijske tehnologije.
Druga delovna telesa Senata Biotehniške fakultete:
- Komisija za tutorstvo
- Komisija za odnose z javnostmi
- Komisija za založniško dejavnost
- Komisija za etiko