Več kot 50-letna zgodovina Inštituta za mlekarstvo in probiotike je zaznamovana predvsem s številnimi organizacijskimi spremembami, ki so bile posledica takratnih razmer. Dogajanje lahko strnemo v več obdobij, in sicer:
pred letom 1961
Mlekarstvo se je kot tematika predavalo že na Agronomski fakulteti v Ljubljani, še preden je bila ustanovljena Katedra za mlekarstvo. Prof. dr. Aleksander Konjajev, ki je leta 1948 postal profesor za mikrobiologijo in mlekarstvo na Agronomski fakulteti (nato Biotehniški fakulteti) v Ljubljani, se je poleg splošne živilske mikrobiologije ukvarjal predvsem z mlekarsko mikrobiologijo. Že leta 1950 je inženir agronomije France Kervina pri profesor Konjajevu postal asistent za mlekarstvo in mikrobiologijo na Fakulteti za agronomijo in gozdarstvo v Ljubljani. Njegovo podiplomsko izobraževanje je bilo podobno podiplomskemu izobraževanju sodobnih mladih raziskovalcev kljub temu, da se je pisalo leto 1952, saj je šel v tem letu na desettedenski mednarodni mlekarski tečaj v ZDA, leta 1954-1955 pa na 14-mesečno specializacijo iz mlekarstva v Veliko Britanijo. Z novimi znanji in sodobnimi pogledi ter s tem tudi pristopi, je postavil temelje pedagoškega, raziskovalnega pa tudi razvojnega dela. Leta 1961 je tako France Kervina ustanovil Inštitut za mlekarstvo, ki je postal najmočnejši mlekarski inštitut v takratni državi Jugoslaviji, dobro poznan tudi v tujini.
med 1961 in 1974
Leta 1967 je bila s sklepom Fakultetnega sveta ustanovljena Raziskovalna postaja Rodica, ki je, kot je zapisano v letnem poročilu 1973, poleg raziskovalne in pospeševalne dejavnosti veliko pozornost posvečala izobraževanju v katedrah za živinorejo, prehrano, mlekarstvo in tehnologijo mesa. V okviru Inštituta za mlekarstvo Biotehniške fakultete je bil leta 1967, kot del izobraževalne dejavnosti ustanovljen Laboratorij za mlekarstvo. V organizacijski shemi leta 1973 niso več omenjene katedre temveč oddelki z enotami (odd. za živinorejo, odd. za prehrano, odd. za genetiko, laboratorij za meso) in Inštitut za mlekarstvo (IML), katerega predstojnik je bil doc. dr. France Kervina, poleg sodelavcev s pedagoškim nazivom še doc. dr. Tatjana Slanovec, poleg njiju pa strokovni in višji strokovni sodelavci (8).
med 1975 in 1981
Leta 1975 so katedre, ki so do takrat delovale kot Raziskovalna postaja Rodica, pri Agronomskem oddelku Biotehniške fakultete, s samoupravnim sporazumom oblikovale Živinorejski oddelek BF. Tako se leta 1976 v organizacijski shemi pojavi Katedra za mlekarstvo, na kateri so poleg dveh sodelavcev s pedagoškim nazivom (predstojnik prof. dr. France Kervina in prof. dr. Tatjana Slanovec) zaposleni strokovni sodelavci (9) in tehnični sodelavci (8). V letih 1977 – 1981 prevzame predstojništvo Katedre za mlekarstvo prof. dr. Tatjana Slanovec, namestništvo pa Bojan Šobar, viš. strok. sod. Katedri se kot strok. sod. priključi Bogdan Perko, ki postane leta 1980 asistent za predelavo mleka pri prof. Slanovčevi. Leta 1978 se katedri kot stažist priključi še Irena Rogelj, ki postane leta 1981 asistentka za obdelavo in predelavo mleka pri prof. Kervini.
med 1982 in 1992
Leta 1982 se v organizacijski shemi VTOZD za živinorejo zopet pojavi Inštitut za mlekarstvo (predstojnik prof. Kervina) s 4 katedrami: Katedra za pridelavo mleka (predstojnik prof. dr. Kervina, asistentka Irena Rogelj), Katedra za predelavo mleka (predstojnik prof. dr. Slanovec, asistent Bogdan Perko), Katedra za urejanje živinorejskih obratov (v.d. predstojnik Bojan Šobar) in Katedra za mehanizacijo v živinoreji (v.d. predstojnik Emerik Valinger). Leta 1983 postane v.d. predstojnika IML Emerik Valinger, dipl. kmet., svetnik, v.d. namestnika predstojnika pa izr. prof. dr. Bojan Šobar. Leta 1984 postane v.d. predstojnika Katedre za pridelavo mleka Irena Rogelj (spec., asist), v.d. predstojnika Katedre za predelavo mleka pa Bogdan Perko (spec., asist). Leta 1985 se Katedrama za pridelavo in predelavo mleka priključi kot zunanji sodelavec prof. dr. Franc Forstnerič, ki je sodeloval na katedrah do leta 1991. Leta 1991 postane predstojnik IML izr. prof. dr. Bojan Šobar, namestnik pa doc. dr. Bogdan Perko.
med 1993 in 2000
Leta 1993 se katedri za pridelavo mleka in predelavo mleka preimenujeta v Katedra za tehnologijo mleka (predstojnica doc. dr. Rogelj) in Katedra za tehnologijo mlečnih izdelkov (predstojnik doc. dr. Perko). Leta 1998 je postal predstojnik IML doc. dr. Bogdan Perko, namestnica pa doc. dr. Stanislava Golc Teger.
med 2001 in 2009
Leta 2001 so bili ukinjeni inštituti, 4 katedre IML pa združene v Katedro za mlekarstvo, katere predstojnica je postala prof. dr. Irena Rogelj in namestnik prof. dr. Bogdan Perko.
med 2010 in 2022
Leta 2010 je ustanovljen Inštitut za mlekarstvo in probiotike, katerega predstojnica postane prof. dr. Irena Rogelj. Predstojnica Katedre za mlekarstvo postane doc. dr. Andreja Čanžek Majhenič in namestnica asist. dr. Petra Mohar Lorbeg.
od 2022 do danes
S februarjem 2022 se upokoji prof. dr. Irena Rogelj. Vodenje inštituta prevzame znan. svet. dr. Bojana Bogovič Matijašić, njena namestnica pa postane asist. dr. Petra Mohar Lorbeg, ki obenem prevzame tudi vodenje Laboratorija za mlekarstvo. Predstojnica Katedre za mlekarstvo ostane izr. prof. dr. Andreja Čanžek Majhenič, njen namestnik pa postane doc. dr. Primož Treven.